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新公司法对企业认缴出资期限进行了约束，“锁死”了企业对外借款利息的扣除审核期限。《国家税务总局关于企业投资者投资未到位而发生的利息支出企业所得税前扣除问题的批复》（国税函〔2009〕312号）明确，企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。也就是说，结合新公司法和国税函〔2009〕312号文件的规定，企业对外借款利息扣除的时间，从“认缴制”期限较为宽松的阶段，正式进入“最长5年宽限期”的阶段。
从实务角度分析，企业实缴出资工作，一般由董事会办公室或企业行政主管人员负责。企业借款利息扣除等工作，一般由企业财务部门管理。新公司法实施后，企业董事会办公室或行政主管人员，应该与财务部门负责人加强沟通，避免因部门间信息传递不对称、配合不默契，引发不必要的计算错误或税务风险。
新公司法第四十九条明确，股东未按期足额缴纳出资的，除应当向公司足额缴纳外，还应当对给公司造成的损失承担赔偿责任。此处的表述较为宽泛，法条中未明确“给公司造成的损失”应如何界定。不过可以确定的是，因股东未按期足额缴纳出资造成公司损失的，相关股东首先要承担赔偿责任。因此，这部分公司损失将属于实质追偿主体的损失，在完成追偿规定动作之前，无法在企业所得税前确认该资产损失。
举例来说，假设甲有限责任公司于2024年9月成立，股东A认缴500万元，约定于2024年10月1日前出资到位。2030年9月，甲公司从乙公司处采购一批物资，计划股东A的出资到位后即付款。但由于股东A未履行实缴义务，使得甲公司无法向乙公司支付货款，需要支付违约金100万元。甲公司未履约原因，是资金短缺。甲公司需要支付的100万元违约金，是股东A未及时履行出资义务造成的损失。根据新公司法第四十九条，股东A应承担赔偿责任。在股东A履行其未实缴出资到位的连带赔偿责任后，上述违约金损失与股东A实际承担的连带赔偿责任冲抵，不再影响甲公司企业所得税应纳税所得额的计算。根据企业所得税法及相关法规规定，企业在正常生产经营过程中发生的经营性违约金等赔偿损失，属于允许在企业所得税税前扣除的支出事项。那么，在股东A赔偿过后，甲公司的相关违约金支出，才可以在企业所得税税前扣除。
