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如果公诉机关拒绝出具公函，这可能是因为案件的具体情况不符合提存制度的适用条件，或者存在其他法律上的障碍。在这种情况下，是否合法取决于几个因素：
法律依据：如果公诉机关的拒绝有明确的法律规定支持，例如案件性质不属于轻微刑事案件或者被告人不符合提存条件，那么拒绝出具公函是合法的。
程序正当性：如果公诉机关的拒绝没有合理的法律依据，或者违反了法律程序，那么这种拒绝可能是不合法的。
具体情况：每个案件的具体情况不同，公诉机关的决策也可能因案而异。如果公诉机关的决策是基于案件的具体情况和法律规定作出的，那么这种决策是合法的。
综上所述，公诉机关是否拒绝出具公函合法，需要根据具体的法律规定、案件情况和法律程序来判断。如果公诉机关的决策有明确的法律依据并且符合法律程序，那么这种决策是合法的。
