针对您提出的“合同已经到期，不准备续签，但公司以未提前30天提交离职为由要扣违约金”的问题，其合法性主要取决于合同类型及具体条款内容。对于普通劳动合同，仅在服务期约定和竞业限制两种情形下，用人单位可与劳动者合法约定违约金。若您的合同不属于这两种情况，公司扣违约金的行为则可能不合法。
一、普通劳动合同中的违约金约定
服务期约定：
若公司曾为您提供专项培训费用，并进行专业技术培训，双方可能订立了服务期协议。在此情况下，若您违反服务期约定，公司有权要求您支付违约金，但违约金数额不得超过公司提供的培训费用，且仅限于服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
举例：若公司为您花费5万元培训费，并约定5年服务期，您工作2年后离职，则最高需支付3万元违约金（5万×3/5）。
竞业限制约定：
若您属于高级管理人员、高级技术人员或其他负有保密义务的人员，公司可能与您在劳动合同或保密协议中约定了竞业限制条款。在此情况下，若您违反竞业限制约定，公司有权要求您支付违约金。
举例：若您与公司签订竞业限制协议，约定离职后2年内不得到竞争企业工作，并每月获得经济补偿。若您违反此约定，则需支付违约金。
其他情况：
除上述两种情况外，公司不得与您约定由您承担违约金。若劳动合同中有此类无效约定，您无需支付违约金。
二、劳务合同及其他类型合同中的违约金约定
对于劳务合同、合作合同等非劳动合同类型，合同中关于未提前辞职（或终止合同）的违约金约定，其有效性主要取决于双方真实意愿及内容是否违反法律法规的强制性规定。只要该约定是双方真实意思的表示，且内容合法，该违约金条款通常是有效的。
违约金调整：若违约金过高或过低，当事人可请求人民法院或仲裁机构予以适当减少或增加。
举证责任：若一方认为违约金过分高于对方因合同终止所遭受的实际损失，需承担举证责任，并可请求法院或仲裁机构适当调整违约金数额。
三、处理建议与预防措施
处理建议：
首先，仔细审查您的合同条款，特别是关于违约责任和劳动者权益的部分，以评估违约金的合法性。
若认为公司扣违约金的行为不合法，可向公司提出质疑并寻求协商解决。
协商无果时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
预防措施：
在签订劳动合同时，务必谨慎阅读合同条款，特别是关于违约责任和劳动者权益的部分。
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